Mewtwo, con una inteligencia superior a la de cualquier ser humano, comienza a cuestionar su existencia y el propósito de su creación. Su creador, el Dr. Fuji, un científico que trabajó en el proyecto de creación de Mewtwo, intenta controlar al Pokémon, pero Mewtwo se libera y comienza a buscar venganza contra los seres humanos que lo crearon.
La película se desarrolla en un futuro no muy lejano, en un mundo donde los Pokémon y los seres humanos coexisten. La historia gira en torno a Mewtwo, un poderoso Pokémon creado genéticamente a partir del ADN de Mew, un Pokémon legendario con el poder de transformarse en cualquier otro Pokémon.
Una de las películas más emblemáticas y recordadas de la franquicia es "Pokémon: La película - Mewtwo vs Mew" (1998), una producción que no solo entretuvo a los espectadores, sino que también planteó preguntas profundas sobre la naturaleza de la inteligencia artificial, la ética en la ciencia y la relación entre los seres humanos y la tecnología.